Školní výchovné poradenství je metodicky vedeno Institutem pedagogicko-psychologického poradenství, který každoročně nabízí široký výběr vzdělávacích kurzů, ať už s obecnou nebo s vysoce specializovanou problematikou. NÚOV je aktivním partnerem v oblasti dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků a výchovných poradců základních a středních škol a autorsky se spolupodílí na celé řadě vzdělávacích programů.
NÚOV vytvořil v rámci projektu VIP Kariéra moderní systém dalšího vzdělávání formou e-learningu – vzdělávání po internetu. Výchovným poradcům a učitelům vzdělávacích oblastí Výchova k volbě povolání a Úvod do světa práce ze základních a středních škol byl nabídnut bezplatný vzdělávací kurz, který obsahoval moduly zaměřené na problematiku kariérového poradenství jak z pohledu vzdělávání, tak trhu práce, včetně tématu vzdělávací příležitosti žáků se zdravotním a jiným znevýhodněním. V letech 2006-2008 absolvovalo více než 4500 pedagogických pracovníků.
V souvislosti s usnesením vlády ČR č. 1004/2005 Národní plán podpory a integrace občanů se zdravotním postižením na období let 2006-2009 vyplynula povinnost pro výchovné poradce doplnit si do roku 2012 svou kvalifikaci rozšířením odborných kompetencí v oblasti práce s žáky se zdravotním postižením. Vzdělávací program s akreditací MŠMT byl vytvořen ve spolupráci IPPP, NÚOV a odborných pracovníků z pedagogické praxe. Pracovníci NÚOV se autorsky podíleli na tvorbě programu zpracováním témat o vzdělávacích příležitostech a pracovním trhu pro žáky se zdravotním postižením. Doplňkové studium pro výchovné poradce základních a středních škol je realizováno IPPP, Národním institutem pro další vzdělávání (NIDV) a krajskými vzdělávacími zařízeními, které jsou v systému dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků (DVPP) a jsou zapsána v rejstříku škol a školských zařízení.
NÚOV participoval i na přípravě dalšího vzdělávacího programu Institutu pedagogicko-psychologického poradenství pro výchovné poradce „Kariérové a výchovné poradenství u žáků se zdravotním postižením“, který bude realizován v průběhu roku 2010.